Desarrollador de Contenedores de Software para computación científica

1. Tecnologías que van a utilizar:

• Singularity, Linux (Bash scripting), Docker (opcional como punto de partida), y herramientas bioinformáticas específicas (se proporcionarán).

2. Horarios y modalidad:

• Horario flexible según disponibilidad del estudiante.

• Modalidad híbrida, con reuniones presenciales en la unidad de bioinformática en el IPBLN según necesidad.

3. Otros detalles:

• El proyecto ofrece la oportunidad de trabajar con datos y herramientas científicas de última generación, en un entorno colaborativo con investigadores y bioinformáticos expertos.

1. Herramientas disponibles:

• Código fuente y binarios de varias herramientas de análisis científico desarrolladas en la unidad de bioinformática y en colaboración con otros investigadores.

• Ejemplos funcionales de contenedores simples ya creados con Singularity.

2. Datos disponibles:

• Scripts de análisis y flujos de trabajo bioinformáticos que requieren contenedorización.

• Datos de prueba para validar las herramientas dentro del contenedor.

3. Recursos adicionales:

• Documentación interna sobre la instalación y uso de herramientas bioinformáticas.

• Soporte del equipo para resolver dudas técnicas o metodológicas.

Entregable final:

1. Contenedores funcionales de Singularity que incluyan las herramientas especificadas, con pruebas de funcionamiento documentadas.

2. Manual de uso y despliegue de los contenedores, incluyendo instrucciones para la ejecución en sistemas de computación en clúster y ejemplos reproducibles de análisis.

3. (Opcional) Propuesta de mejoras o automatización en la creación de contenedores para futuros proyectos.